أولا : مرحلة ما قبل التعليم النظامي الحكومي :

وهو تعليم أهلي مبسط غير نظامي أو ما يطلق عليه ( العلمة ) ويقوم بالتدريس شيخ فاضل يجيد القراءة والكتابة ولديه إلمام بمبادئ الدين الإسلامي الحنيف والمقررات هي : القرآن الكريم ، الحديث الشريف ، القاعدة البغدادية للقراءة والكتابة والحساب .

وقد انتشر هذا النوع من التعليم في شرق القطن مثل خشامر المعلم عوض بن عمر الرباكي والشيخ سعيد بن محمد باجابر لحمدي وأحمد حسن بارجاء وعبدالله بن سند والشيخ أحمد بن صالح بن علي جابر.

أما غرب القطن في منطقة هينن مثل الشيخ الخضر باهرمز وعمر بامخرمة والشيخ عبدالرزاق عبدالله بن سحاق وأبوبكر عثمان باكثير وأبوبكر عبدالله السقاف ويسلم باسباع .

أما في القطن وضواحيها والقرى المجاورة لها تركز التعليم في العنينين والكرووس والفرط والريضة وفي العنين كانت أسرة ال باجسير وال باخميس وال لحمد وفي الكرووس بلعيد بن صالح بن سحاق وعوض بن أحمد بن سلم ومن الفرط سالم أبوبكر بخضر أما في القطن فقد أشتهرت أسر ال بافضل مثل علي بن احمد بافضل واحمد و محمد بن علي بافضل و عبد الله عبد الرحمن با فضل .

في عام 1339هـ أنشاءت أول مدرسة في القطن وهي مدرسة الهدى واستقدم السلطان علي بن صلاح القعيطي الشيخ سعيد باوزير من غيل باوزير للإشراف عليها وكانت الدراسة هي أربع سنوات .

وفي عام 1949/1967م تحولت مدرسة الهدى إلى مدرسة حكومية ابتدائية ، أول مدير لها عمر عبدالرحمن السقاف وأحمد بن علي بافضل وعمر بن أحمد الخلاقي.

المدرسة الوسطى  بالقطن تأسست عام 1960/1961م  وكانت في السابق في مبنى مدرسة الهدى ثم تحولت إلى مبناها الجديد ومن أهم مدرائها أحمد عبدالشيخ بن شملان وسالم أحمد بن سلم والأستاذ يحيى عبدالرحمن السقاف والأستاذ عبدالله سالم بايعقوب وكانت بها بعثات سودانية وقد حصل عدد من طلابها على مرتبة الشرف وتم إرسال بعضهم إلى جمهورية السودان الشقيق منهم الأستاذ عوض سالم لرضي وسعيد محفوظ ديان وأحمد عيسى بن شملان وعمر عوض بن سنكر وعلي حسن التميمي وسليمان بن مخاشن وعبدالله سعيد باوزير وسعيد مبارك بايعشوت .

التعليم الابتدائي وانتشاره في مديرية القطن :

بدأ التعليم الابتدائي في مديرية القطن عام 1950م في خشامر وكان مدير المدرسة عمر أحمد بن طاهر وفي العنين 1960م أول مدير عمر سعيد بن دويل وفي هينن عام 1961م وكان أول مدير الأستاذ عبدالله سالم باخميس .

مرحلة ما بعد الاستقلال :

شهد قطاع التعليم توسعا وتطورا كبيرين في الجانب الكمي والنوعي وتوسعا هائلا في المدارس وقد كانت في عام 1966/1967م تعد بالأصابع إلا أنها ازدادت أعدادها وكذا ظهر التعليم المتوسط والثانوي :

أ – إنشاء مكتب الإشراف التعليمي : في عام 1968م أنشاء أول مكتب إشرافي تعليمي في القطن وعين مشرف تعليمي هو الأستاذ / فرج أحمد باغفار وفيه عدة أقسام مثل قسم الحسابات وقسم المستودعات وبعد ذلك الأستاذ محسن الحوثري مشرفا تعليميا وتتابع تعيين المشرفين مثل عبدالرحمن غوث باوزير وجعفر الكثيري وعبدالله عمر بن سنكر وسالم عبدالله بخضر وعبدالله جمعان النوبي وصالح شيبان بن سحاق .

ب – المدارس الجديدة قبل الوحدة المباركة نشأت في كثير من مناطق المديرية المدارس وتغير السلم التعليمي من أربع سنوات إلى ست سنوات في عام 1969/1970م وفي عام 1974م تحول (6+3) ابتدائي وإعدادي ومن ثم (8) صفوف إلى عام 1988م وفي عام 1989م النظام الحالي مدرسة موحدة (9) صفوف وثانوية (3) صفوف ، وخلال الفترة من عام 1969م إلى عام 1989م زاد عدد المدارس وأصبح الوضع كالتالي :

مرحلة ما بعد قيام الوحدة (1990 – 2006م ):

في جانب عدد مدارس التعليم الأساسي تزايد بشكل ملحوظ فقد فتحت مدارس جديدة في مديرية القطن بلغت المدارس الأساسية حتى العام الدراسي 2005/2006م (40) مدرسة حكومية وواحدة أهلية وهي مدرسة الإبداع وتوجد روضة للأطفال وتمهيدي بمدرسة الإبداع .

وعدد الثانويات اثنتين واحدة للبنين وأخرى للبنات وتحت الإنشاء مدرستين ثانويتين الأولى للبنات في العنين والأخرى في منطقة السفولة للبنين ويتم بناء مدراس جديدة في كل من الساحة للبنات وحصن ال زوع مختلط ومدرسة الزهراء للبنات بالقطن ومدرسة المرقدة مختلط ومدرسة بابكر والخبة مختلط ومدرسة المدهر مختلط وإنشاء الله سيتم فتح هذه المدارس في الفترة القادمة .