تعتبر ملوحة المياه هي المشكلة الرئيسية في مديرية القطن حيث تصل نسبة الملوحة إلى 30% من الآبار وتعتبر غير صالحة للزراعة حيث تصل نسبة الملوحة بها إلى (5 – 13) ملليموز.
انتشار الكثير من الآفات على النخيل مثل الدوباس والغبار.
تعرض مساحات كبيرة وخاصة التي تروى بمياه السيول إلى التصحر وانتشار أشجار السيسبان بها خاصة عند عدم وصول السيول إليها .
توقف الكثير من الآبار التي حفرت من قبل مشروع وادي حضرموت وعدم الاستفادة منها بسبب المشاكل على الأرض .